Amadeus vertelt het verhaal van Antonio Salieri, een componist die ten tijde van Wolfgang Amadeus Mozart leefde. De film begint met zijn zelfmoordpoging, waarvoor hij in een krankzinnigengesticht terecht komt. Een priester bezoekt hem om zijn biecht op te nemen. Salieri is hier echter niet in geïnteresseerd. Wanneer de priester aangeeft dat iedereen gelijk is in Gods ogen, kijkt hij op en vraagt of dat daadwerkelijk wel zo is. Dit is het begin van zijn verhaal over zijn relatie met Mozart. Salieri belooft op jonge leeftijd aan God dat hij zich geheel aan de muziek zal wijden om daar ooit voor beloont te worden door aanzien en goddelijke inspiratie. Wanneer hij werkzaam is als hofcomponist van Keizer Jozef II lijkt deze wens vervuld te zijn, totdat hij Mozart leert kennen. Deze Mozart overtreft Salieri in alles en toont geen respect voor zijn werk. Wanneer Salieri een March of Welcome voor Mozart gecomponeerd heeft, verandert c.q. verbetert Mozart dit zonder enige moeite. Het wordt hem duidelijk dat de goddelijke inspiratie waar hij zijn hele leven op had gehoopt geschonken is aan deze brutale, vulgaire jongen. Dat deze losbandige jongen het werktuig van God is geworden. Zijn muzikale genie is een gave van God. Dat een dergelijk talent aan iemand werd toebedeeld die het niet lijkt te verdienen, is volgens Salieri het bewijs van goddelijke willekeur en onrechtvaardigheid. Het wordt hem duidelijk dat zijn werk nooit zo goed zal worden als dat van Mozart. Zijn werk zal altijd middelmatig blijven. Hij zal altijd verdoemd blijven tot het enkel herkennen van het goddelijke. Hij is jaloers op Mozart. Niemand herkende zijn muziek, zoals duidelijk wordt wanneer de priester moet raden naar de muziek die Salieri speelt. De muziek van Salieri herkent hij niet, die van Mozart wel. Daarbij beperkte zijn vader hem in zijn muzikale ontwikkeling, terwijl de vader van Mozart er alles aan deed om de muzikale gave van zijn zoon verder te laten ontwikkelen. Wanneer voor Salieri duidelijk wordt dat Mozart door zijn levensstijl in financiële moeilijkheden zit, ziet hij dit als een ingang om Mozart te vernietigen. Vermomd door het masker van Leopold Mozart (Mozarts vader), geeft hij Mozart de opdracht een dodenmis te schrijven. Salieri wil Mozart vermoorden wanneer dit werk af is. Niemand zou weten dat het werk door Mozart gecomponeerd is, alleen Salieri en God. En de laatste zou alleen maar toe kunnen kijken, wanneer Salieri eindelijk de roem en macht krijgt die hij verdient. Deze dodenmis wordt alleen nooit afgemaakt. Ondanks dat Salieri hem helpt, sterft Mozart voor hij de mis afgemaakt heeft. Salieri concludeert dat God liever zijn werktuig vermoordt, dan dat Salieri enige roem wordt toebedeeld. De verblindende jaloezie van Salieri wordt duidelijk door het gegeven dat hij eigenlijk alles krijgt wat hij God gevraagd heeft. Hij wordt gerespecteerd; zijn werk wordt door de keizer als “het beste der alle tijden” genoemd. Mozart daarentegen wordt door iedereen als een dwaas aangezien. Zijn schulden stapelen zich op door zijn levensstijl, hij moet om geld en leerlingen vragen, hij wordt uit de koninklijke opera geweerd en gaat een vaudeville schrijven voor het volkstheater. Eigenlijk is het alleen Salieri die het talent van Mozart herkent.
